Die automatische Steuerung kommt vor allem in Komfort-, Hygiene- und Gastrobereichen zum Einsatz. Das Charakteristische an der automatischen Regelung ist, dass sich die Ionisationsintensität den äusseren Bedingungen anpasst. So kann die Regelung auf jede Situationsänderung, wie z.B. mehr Menschen im Raum, Rauch, Belastungen von aussen, etc. sofort reagieren.

Das Ionisationsmodul wird in der Aussenluftzufuhr oder Umluftrückführung eingebaut. Der Ozonsensor wird möglichst nahe an das erste Luftauslassgitter platziert. Es entsteht so eine Reaktionsstrecke zwischen den Ionisatoren und dem Ozonsensor. In dieser Zone reagieren die flüchtigen organischen Gase (VOC) mit den Ionen und dem Ozon und werden grösstenteils aufgebrochen und in CO₂ und H₂O umgewandelt.

Der Ozonsensor am Ende dieser Strecke hat die Aufgabe, den für die Oxidation nicht verbrauchten Ozonteil zu messen und den Momentanwert der Regelung mitzuteilen. Die Regelung passt nun die Ionisationsintensität nach oben oder nach unten immerzu an, um den in der Regelung manuell eingegebenen Ozonmittelwert zu erreichen. Demzufolge muss umso mehr Ionisationsaktivität aufgebracht werden, je mehr VOC’s in diese Reaktionsstrecke hineingetragen werden. Die verbleibenden Ionen und Ozonmoleküle setzen den Reinigungsprozess im verbleibenden Kanal und im zu behandelnden Raum fort.